La iglesia local, en este caso, la Quinta Iglesia Jesús el Buen Pastor, tiene un consistorio elegido por la Asamblea local, compuesto por el pastor quien es Presbítero Docente y preside el Consejo; y los Presbíteros Regentes, organizados como vicepresidente, secretario, tesorero y secretario de correspondencia. Además de sus reuniones periódicas, ellos junto al pastor atienden las necesidades de la congregación y prestan asesoría a los departamentos internos de la iglesia.  

Cada año, el consistorio nombra un delegado titular y uno suplente para que representen a la iglesia ante el Presbiterio Centro. A su vez, este Presbiterio elige democráticamente su Comisión Ejecutiva, compuesta por moderador, vice moderador, secretario ejecutivo, secretario de actas y tesorero. Igualmente, cada año este Presbiterio elige tres pastores y tres presbíteros que lo representen ante el Sínodo de la Iglesia Presbiteriana de Chile. Así, junto a los delegados de los otros Presbiterios, componen la Asamblea del Sínodo, la cual se reúne una vez al año para recibir informes de los consejos inferiores y considerar la marcha de la iglesia y sus proyecciones futuras.  

En la actualidad la IPCh llega sólo hasta el Sínodo. En el futuro, en caso de organizarse un segundo sínodo, tendría la necesidad de formar la Asamblea General.